Tomasz Wiśniewski 1946, płk Teodor Duda 1947–1948, ppłk Leonard Siwanowicz 1948–1950, mjr Marian Cieślak 1950–1951, ppłk Kazimierz Górecki 1951–1953, ppłk Franciszek Szlachcic 1953–1954, ppłk Włodzimierz Zwierchanowski 1954–1955.
Struktura organizacyjna 1 stycznia 1945 roku Resort Bezpieczeństwa Publicznego PKWN przekształcono w Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego. W związku z tym zmianie uległa struktura WUBP w Rzeszowie.
Formalnie w jej rezultacie w WUBP funkcjonowały wydziały: Personalny, I (Kontrwywiad) – praca operacyjna i śledcza, II – ewidencja operacyjna, łączność szyfrowa i radiowa, laboratorium daktyloskopijne, III – finanse, gospodarka, transport, poczta specjalna, ochrona gmachu itp.; Wydział Więzień i Obozów; Wojewódzki Oddział Cenzury Wojennej.
W kwietniu 1945 r. powołano Wydział do Walki z BandytyzmemFaktycznie do zadań tej jednostki należało prowadzenie walki z podziemiem niepodległościowym. Ostatecznie w 1946 r. wydział oznaczony został jako III..
Struktura WUBP w Rzeszowie w 1946 r.: Wydział I (kontrwywiad), Wydział II (technika operacyjna), Wydział III (walka z podziemiem), Wydział IV (ochrona operacyjna gospodarki), Wydział V (społeczno-polityczny, m.in.