Po zakończeniu wojny, 1 października 1946 r. ks. kard. August Hlond, prymas Polski erygował parafię pw. Ducha Świętego przy ul. Kujawskiej w Bydgoszczy. Mieli ją prowadzić misjonarze ze Zgromadzenia Ducha Świętego, wykorzystując do tego celu kaplicę zakonną. Podniesiona do rangi kościoła parafialnego kaplica została odnowiona i otrzymała nowy wystrój. W 1946 roku sprowadzono z poewangelickiego kościołaobecnie pw. Podwyższenia Krzyża Świętego w Miasteczku Krajeńskim nowy ołtarz z obrazem Chrystusa Dobrego Pasterza oraz ławy kościelne. Obecny ołtarz wykonany przez artystę rzeźbiarza Kryskę z Bydgoszczy ustawiono w 1952 roku. Świątynia otrzymała również wyposażenie autorstwa tego samego artysty: chrzcielnicę, stół Pański (balaski), tron, stołeczki i ramy do obrazów, stacje drogi krzyżowej. W 1957 roku dzięki ofiarności parafian ufundowano monstrancję, na której wykonanie zbierano srebra i monety.