Struktura organizacyjna Od 2003 funkcjonowanie Morskiego Oddziału Straży Granicznej regulowało Zarządzenie nr 32 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 17 września 2003 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Morskiego Oddziału Straży Granicznej im. płk. Karola Bacza w Gdańsku(Dz. Urz. KGSG Nr 5, poz. 38, z 2005 r. Nr 4, poz. 19, z 2007 r. Nr 1, poz. 4, Nr 3, poz. 32 i Nr 5, poz. 49 oraz z 2008 r. Nr 6, poz. 43), zmienionego zarządzeniem nr 63 z 28 sierpnia 2008 i nr 84 z 16 listopada 2009.
Od 24 sierpnia 2005 w miejsce dotychczas funkcjonujących strażnic oraz granicznych placówek kontrolnych utworzono placówki Straży Granicznej. Funkcjonariusze i pracownicy pełniący służbę i zatrudnieni w strażnicach oraz granicznych placówkach kontrolnych Straży Granicznej stali się odpowiednio funkcjonariuszami i pracownikami placówek Straży Granicznej.