2014.72).
Komendą Oddziału kieruje komendant oddziału przy pomocy zastępców komendanta oddziału, głównego księgowego oraz kierowników komórek organizacyjnych komendy oddziału.
W skład komendy oddziału wchodzą komórki organizacyjne, o których mowa poniżej, oraz Zespół Stanowisk Samodzielnych.
Zespół Stanowisk Samodzielnych, w skład którego wchodzą radca prawny i kapelan, jest bezpośrednio nadzorowany przez komendanta oddziału.
Komórkami organizacyjnymi komendy oddziału są: Wydział Graniczno-Morski Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do Spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Kadr i Szkolenia Pion Głównego Księgowego Wydział Techniki i Zaopatrzenia Wydział Techniki Morskiej Wydział Zabezpieczenia Działań Wydział Ochrony Informacji Wydział Kontroli i Audytu Wewnętrznego Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej Służba Zdrowia Morskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Gdańsku.
Funkcjonariusze Morskiego OSG prowadzą wraz z niemiecką Policją Federalną wspólną placówkę w Pomellen, jednak nie jest ona administracyjnie wyodrębniona.