Premier i przewodniczący parlamentu Po wprowadzeniu w kraju systemu wielopartyjnego przez prezydenta Ali Saibou, wziął udział w pierwszych demokratycznych wyborach prezydenckich w Nigrze w 1993. W pierwszej turze głosowania 27 lutego 1993 zajął trzecie miejsce, zdobywając 15,92% głosów. Po wyborach parlamentarnych z 14 lutego 1993 PNDS zdobyła 13 mandatów i uformowała koalicję rządową wspólnie z Konwencją Demokratyczną i Społeczną (CDS). 17 kwietnia 1993 Issoufou objął stanowisko premiera Nigru.
Okres jego premierostwa charakteryzował się niestabilnością polityczną w kraju i rywalizacją z prezydentem Mahamane Ousmane z CDS. We wrześniu 1994 prezydent wydał dekret ograniczający uprawnienia premiera. W rezultacie 28 września 1994 premier Issoufou podał się do dymisji i wycofał PNDS z koalicji rządzącej. Oznaczało to utratę przez nią większości parlamentarnej. W konsekwencji prezydent zarządził na styczeń 1995 nowe wybory parlamentarne. Wybory wygrała opozycyjna partia MNSD i utworzyła wspólny rząd z PNDS, na czele którego stanął Hama Amadou. Od lutego 1995 do stycznia 1996 Issoufou pełnił funkcję przewodniczącego Zgromadzenia Narodowego.