W 1931 cerkiew, znajdująca się do tej pory w jurysdykcji Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, przeszła razem ze zwierzchnikiem egzarchatu Eulogiuszem (Gieorgijewskim) do Patriarchatu Konstantynopola, wchodząc w skład Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Parafii Rosyjskich.
W 2004 rada parafialna ogłosiła chęć powrotu pod jurysdykcję patriarchy Moskwy i cerkiew została przyjęta przez Rosyjski Kościół PrawosławnyПравославный храм в Биаррице вернулся в лоно Русской Православной Церкви. Po zmianie proboszcza nowy opiekun parafii był jednak przeciwnikiem kanonicznej przynależności do tego Kościoła i wystąpił do sądu o podział parafii i oddanie budynku cerkwi tej jej części, która opowie się za zachowaniem kilkudziesięcioletniego związku z Konstantynopolem. Sąd w Bajonnie przychylił się do prośby kapłana w postanowieniu z grudnia 2005https://web.archive.org/web/20131103160504/http://la-france-orthodoxe.net/ru/palom/?id=150&r=63 Paroisse de la Protection et de Saint Alexandre de la Néva.