Nie tylko zapobiegł spadkowi, ale zdobył z nim kolejne mistrzostwo stanowe.
W kwietniu 2008 Joel Santana zastąpił swojego rodaka Carlosa Alberto Parreirę na stanowisku trenera RPA. Pomimo dobrego czwartego miejsca w Pucharze Konfederacji 2009, został zwolniony w październiku 2009 i nie mógł uczestniczyć w Mistrzostwach Świata 2010 na własnym terenie. Przyczyniły się do tego złe wyniki w meczach testowych i brak zakwalifikowania się na turniej finałowy Pucharu Narodów Afryki 2010.
Santana wrócił do Brazylii. Został mistrzem stanu w 2010 z Botafogo. Następnie przeszedł do Cruzeiro, a od 2011 pracował po raz trzeci w EC Bahia. Pod koniec stycznia 2012 ponownie został trenerem Flamengo. Tam został zwolniony pod koniec lipca 2012.
8 kwietnia 2013 Santana został przedstawiony jako trener EC Bahia po raz czwarty w swojej karierze. Po wygraniu zaledwie dwóch z siedmiu spotkań, został zwolniony dwa miesiące później, 13 maja.
We wrześniu 2014 roku Vasco da Gama ogłosiło po raz piąty objęcie drużyny przez Santanę. Nie uratował klubu przed spadkiem z ligi i opuścił drużynę na początku grudnia po zakończeniu sezonu.
W grudniu 2016 roku ogłoszono, że Santana będzie odpowiedzialny za Boavistę.