Okres świetności Wilna jako centrum artystycznego zakończył się wraz z powstaniem listopadowym – likwidacja Uniwersytetu Wileńskiego rozproszyła jego wychowanków, choć dorobek „szkoły wileńskiej” zachował siłę oddziaływania jeszcze po połowie XIX wieku.
Tradycja akademickiego kształcenia artystycznego w Wilnie została wskrzeszona w 1919 roku. Przy reaktywowanym Uniwersytecie, któremu nadano imię Stefana Batorego, utworzono wówczas Wydział Sztuk Pięknych. Kres działalności Uniwersytetu Wileńskiego, a więc także Wydziału Sztuk Pięknych nastąpił po wybuchu II wojny światowej w 1939 roku. Po wojnie Wilno nie zostało włączone do Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej, postanowiono więc utworzyć uniwersytet na ziemiach polskich – wybór padł na Toruń. UMK powstał na mocy dekretu Rady Ministrów z dnia 24 sierpnia 1945 roku, zatwierdzonego przez Prezydium Krajowej Rady Narodowej w dniu 11 września 1945 roku. Przy Wydziale Humanistycznym zaczęto organizować Sekcję Sztuk Pięknych. Decydujący wpływ na jego powstanie mieli pracownicy przedwojennego Wydziału Sztuk Pięknych wileńskiego Uniwersytetu Stefana Batorego. Dnia 24 stycznia 1946 roku Sekcję Sztuk Pięknych przekształcono w odrębny Wydział Sztuk Pięknych.