W 1989 stanął na czele Komitetu Obywatelskiego Warszawa-Śródmieście.
W latach 1990–1997 był urzędnikiem w Ministerstwie Edukacji Narodowej, pełnił funkcję dyrektora Departamentu Kształcenia Ogólnego (do 1996), następnie podsekretarza stanu w tym resorcie. W latach 1998–2002 zajmował stanowisko radcy ministra w Ambasadzie RP w Waszyngtonie.
W 2002 otworzył przewód doktorski na Wydziale Socjologii Uniwersytetu Jagiellońskiego. W tym samym roku wygrał konkurs na stanowisko dyrektora Centralnej Komisji Egzaminacyjnej. 2 maja 2004 został ministrem edukacji narodowej i sportu w pierwszym rządzie Marka Belki, stanowisko to utrzymał w następnym gabinecie. Po wyodrębnieniu resortu sportu od 1 września 2005Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 1 września 2005 r. o zmianie w składzie Rady Ministrów (). do 31 października 2005 był ministrem edukacji narodowej. Powrócił następnie do kierowania CKE, z funkcji tej został odwołany w marcu 2006. W 2008 wszedł w skład Rady Edukacji Narodowej, organu doradczego przy minister Katarzynie Hall. W tym samym roku ponownie stanął na czele CKE (jako p.o. dyrektora), pełniąc tę funkcję do stycznia 2009, później został wicedyrektorem tej instytucji.