Rozpoczął współpracę z National Bureau of Economic Research w Nowym Jorku, która trwała do końca jego życia. W 1959 roku został profesorem ekonomii na Uniwersytecie w Chicago, gdzie pracował ponad 30 lat. W 1973 roku opublikował książkę Orders, Production, and Invetments, w której przeanalizował szereg cykli koniunkturalnych w gospodarce amerykańskiej od 1870 rok i zidentyfikował relacje pomiędzy nowymi zamówieniami, zamówieniami niezrealizowanymi, produkcją, dostawami i wielkością zapasów. Zarnovitz był zwolennikiem endogenicznych teorii wahań aktywności gospodarki oraz interesował się prognozowaniem. W 1965 roku opublikował w The New York Times wyniki swoich badań na ten temat. Artykuł miał prowokujący tytuł Biznesmeni i inwestorzy muszą być ostrzeżeni przed prognozami, które traktować należy z przymrużeniem oka i wzbudził duże zamieszanie w środowisku ekonomistów. Po przejściu na emeryturę wciąż aktywnie pracował na Uniwersytecie Columbia. W ostatnich latach życia współpracował z Conference Board w Nowym Jorku, gdzie zajmował się pracą nad konstrukcją wskaźnika wyprzedzającego dla gospodarki chińskiej. W styczniu 2009 roku opublikował swój ostatni artykuł The Crisis of Confidence poświęcony porównaniu obecnego kryzysu gospodarczego z recesjami z lat 1981, 1990 i 2001.