Po utworzeniu samodzielnego systemu ligowego Słowacji (1993) była uczestnikiem II. ligi do 2000 roku, kiedy wywalczyła pierwszy, historyczny awans do najwyższej słowackiej klasy rozgrywkowej. W pierwszym sezonie – 2000/2001 – Matador zajął 6. miejsce, jednak dzięki zwycięstwu w ligowej klasyfikacji Fair Play uczestniczył w rozgrywkach Pucharu UEFA 2001/2002 (odpadł w I rundzie po porażce z SC Freiburg). Kolejną edycję I. ligi zakończył wywalczeniem tytułu wicemistrzowskiego, co było największym osiągnięciem klubu w rozgrywkach ligowych. Umożliwiło to kolejny start w Pucharze UEFA (w II rundzie Matador uległ Girondins Bordeaux). Ostatnim większym sukcesem na arenie krajowej było zdobycie Pucharu Słowacji 2002/2003. Po tym zwycięstwie drużyna zagrała ostatni raz w rozgrywkach międzynarodowych (porażka w I rundzie Pucharu UEFA z FC Barcelona).
W sezonie 2005/2006 Matador zajął 10., ostatnie miejsce w I. lidze, nie powracając już na najwyższy szczebel rozgrywek piłkarskich na Słowacji. Problemy finansowe wywołały decyzję o zgłoszeniu drużyny do grupy Zachód nowej II ligi (ligowy poziom trzeci). W 2007 roku klub zmienił nazwę na FK Púchov. W sezonie 2008/2009 zdobył mistrzostwo swojej grupy, awansując do I ligi (poziom drugi).