W Programie Państwowego Monitoringu Środowiska na rok 2006 przewidziano 20 punktów reperowych na rzekach, z częstotliwością badania raz na dwa tygodnie (dwa razy większą niż w pozostałych punktach rzecznych) i 10 na jeziorach z częstotliwością 6-8 razy w sezonie wegetacyjnym (3-4 razy większą niż w pozostałych punktach jeziornych). W następnych latach program dotyczący rzek był podobny, podczas gdy dotychczasowe jeziora reperowe weszły w skład zestawu 23 jezior referencyjnych. Wiązało się to z częstszym powtarzaniem badań monitoringowych w okresie programu. W systemie z roku 2016 przynajmniej niektóre badania monitoringowe w punktach reperowych wykonywane są corocznie, podczas gdy w pozostałych punktach raz na trzy lata w monitoringu operacyjnym lub sześć lat w monitoringu diagnostycznymRozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 19 lipca 2016 r. w sprawie form i sposobu prowadzenia monitoringu jednolitych części wód powierzchniowych i podziemnych ().