W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Kruszyniany, po jej zniesieniu w gromadzie Górka. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa białostockiego.
W nocy z 28/29 czerwca 2014 r. zarówno meczet w Kruszynianach jak i miejscowy cmentarz muzułmański padły ofiarą aktu wandalizmu i profanacji. Na zabytkowych ścianach świątyni oraz na blisko 30 nagrobkach wymalowano sprejem symbole polski walczącej oraz rysunki świni, zwierzęcia uważanego w islamie za nieczyste. Oburzyło to mieszkańców wsi, którzy pomimo dzielących ich różnic narodowościowo-religijnych natychmiast przystąpili do odnowy zdemolowanych obiektów. W maju 2015 r. prokuratura umorzyła śledztwo w tej sprawie z powodu niewykrycia sprawców.
Ochronie zabytkowych Kruszynian ma służyć park krajobrazowy dorzecza Świsłoczy.
W związku z kryzysem migracyjnym na granicy z Białorusią, jaki nastąpił w połowie 2021 r., miejscowość i okolice objęte zostały stanem wyjątkowym.
Urodzeni w Kruszynianach (1932-1996) – białoruski poeta, dramaturg i tłumacz
Zabytki thumb|Cmentarz muzułmański w Kruszynianach