Początkowo cerkiew pozostawała w jurysdykcji Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, przechodząc w 1930 razem z jego zwierzchnikiem biskupem Eulogiuszem (Gieorgijewskim) pod jurysdykcję patriarchy Konstantynopola w ramach Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Parafii Rosyjskich. W 1939 władze hitlerowskie zmusiły parafię lipską (razem z innymi parafiami „eulogiańskimi”) do przejścia do eparchii berlińskiej i niemieckiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji, w której pozostawała do 1945. W tym roku, pod wpływem stacjonujących w mieście wojsk radzieckich, parafia ogłosiła powrót pod jurysdykcję Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
W latach 60. i 80. XX wieku budynek był remontowany. W cerkwi znajduje się 7 dzwonów, nabożeństwa mogą być odprawiane zarówno w głównej, „górnej” cerkwi, jak i w jej podziemiach („dolna cerkiew”).
W maju 2000 cerkiew stała się obiektem wandalizmu ze strony niemieckich neonazistów, którzy umieścili na jej zewnętrznych ścianach antyrosyjskie napisy oraz symbole faszystowskieProfanacja cerkwi w Lipsku, Przegląd Prawosławny, nr 5(179), ISSN 0867-7476, s. 37.