Życie prywatne Urodził się w Greensboro, w stanie Karolina Północna jako syn Karen (z domu Hobbs), zajmującej się handlem nieruchomościami, i Roberta „Boba” Stuarta Isnera, pracującego w budownictwie. Ma dwóch braci, Nathana i Jordana. W tenisa grał od dziewiątego roku życia. Wśród zainteresowań Johna Isnera znajdują się poker, golf i koszykówka. Mieszka w Tampie na Florydzie.
W grudniu 2017 Isner poślubił swoją wieloletnią partnerkę, projektantkę biżuterii Madison McKinley. Uroczystość odbyła się w Montage Palmetto Bluff w Karolinie Południowej.
Kariera tenisowa Styl gry i sprzęt Isner znany był z potężnego serwisu, w czym wydatnie pomagał mu jego wzrost (208 cm). Dobry pierwszy serwis umożliwiał mu skuteczną grę przy siatce, tzw. serw i wolej.
Jego sponsorami były Lacoste i Prince, wyposażające odpowiednio w odzież i rakiety.
Sezon 2007 Zawodową karierę tenisową rozpoczął latem 2007 roku startami w turniejach rangi ITF Futures.