Rok ukończył na 107. pozycji w rankingu światowym.
Sezon 2008 Na początku sezonu zadebiutował w Australian Open, odpadając w I rundzie po porażce z Fabrice’em Santoro. W parze z Ivo Karloviciem (najwyższy gracz w rozgrywkach ATP World Tour), Isner wystąpił w I rundzie gry podwójnej, tworząc w ten sposób „najwyższą” parę deblistów w historii touru.
W lutym Isner awansował po raz pierwszy w zawodowej karierze do czołowej 100. rankingu (93. lokata), po osiągnięciu ćwierćfinału turnieju w San José. Pokonał w nim Florenta Serrę i Tommy’ego Haasa. w 1/4 finału przegrał po trwającym ponad 3 godziny meczu z Hiszpanem Guillermo Garcíą Lópezem.
W połowie sezonu Amerykanin wystąpił w Rolandzie Garrosie oraz na Wimbledonie, odpadając za każdym razem w I rundzie, po porażkach odpowiednio z Juanem Ignacio Chelą oraz Ernestsem Gulbisem. W lipcu Isner wraz z Mardym Fishem osiągnął swój pierwszy finał w grze podwójnej rangi ATP World Tour, na trawiastych kortach w Newport. Amerykańska para wygrała spotkanie finałowe 6:4, 7:6(1) z duetem Rohan Bopanna-Aisam-ul-Haq Qureshi.