Tuż przed Australian Open Isner wystartował w Auckland, gdzie grał jako obrońca tytułu. Amerykanin osiągnął w tej edycji ćwierćfinał przegrywając pojedynek o dalszą fazę z Davidem Nalbandianem. Podczas Australian Open Amerykanin doszedł do III rundy, odpadając po pięciosetowym pojedynku z Marinem Čiliciem.
Sezon gry na nawierzchni ziemnej Isner zaczął od startu w Houston, gdzie awansował do finału w grze podwójnej, partnerując Samowi Querreyowi. Pojedynek finałowy przegrali z Bobem i Mikiem Bryanami. W połowie maja Isner razem z Samem Querreyem wygrali rywalizację deblową w Rzymie. W finale wygrali poprzez walkower z Mardym Fishem i Andym Roddickiem, ze względu na kontuzję ramienia jakiej doznał Roddick. Podczas Rolanda Garrosa Amerykanin przegrał w I rundzie po porażce z Rafaelem Nadalem. Z rywalizacji na trawiastych kortach Wimbledonu Isner odpadł w II rundzie z Nicolásem Almagro. Drugi singlowy tytuł Amerykanin wywalczył w Newport. Po drodze Isner nie stracił seta, a w finale wynikiem 6:3, 7:6(6) pokonał Oliviera Rochusa.