Kompleks, który był używany jako baza przez al-Kaidę w 2001 roku, pierwotnie był naturalnym systemem jaskiń. Dopiero budowa umocnień, bunkrów oraz pogłębienie jaskiń z pomocą CIA na początku lat osiemdziesiątych (Operacja Cyclone) w celu wykorzystania go przez Mudżahedinów podczas radzieckiej interwencji w Afganistanie, nadała mu w pełni militarny charakter. We wcześniejszych okresach, teren ten był wykorzystany podczas walk plemiennych, jako łatwy w obronie.
Bitwa Pod koniec inwazji na Afganistan, bojownicy al-Kaidy wciąż kontrolowali teren na którym znajdowała się Tora Bora. Antytalibskie milicje plemienne prowadziły kampanie w tym trudnym terenie, razem z amerykańskimi i brytyjskimi siłami specjalnymi przy wsparciu lotnictwa koalicji. W obliczu klęski i niechęci do walki z muzułmanami, Al-Kaida wynegocjowała z lokalnym dowódcą milicji czasowe zawieszenie broni. Dowódcy pasztuńscy otaczający oddziały al-Kaidy wyznaczyli termin poddania się terrorystów na 12 grudnia o 8 rano. Jednakże termin ten nie został dotrzymany. Prowadzone rozmowy w sprawie warunków kapitulacji skończyły się fiaskiem. Bojownicy al-Kaidy zażądali, aby ich kapitulacja była prowadzona pod nadzorem ONZ i dyplomatów z państw, z których pochodzą (bojownicy pochodzili głównie z krajów muzułmańskich). Warunki te zostały odrzucone.