Istotne wyniki dla systematyki tego rodzaju zawarte są w publikacji Mao i in. z 2010. Wynika z nich, że w obrębie rodzaju wyróżnić można 6 głównych kladów. Bazalną jest grupa, której najstarszy przedstawiciel – jałowiec pestkowaty (J. drupacea) wyodrębnił się ok. 20 milionów lat temu. Specjacja w obrębie pozostałej grupy, obejmującej m.in. jałowiec pospolity (J. communis) nastąpiła ok. 10 milionów lat temu. Wszystkie pozostałe 5 kladów odpowiada wyróżnianej tradycyjnie sekcji Sabina Spach 1841 (czasem podnoszonej do rangi odrębnego rodzaju – Sabina Miller 1754).
Gatunki dziko rosnące w Polsce jałowiec pospolity (Juniperus communis L.) jałowiec sabiński, j. sawina (Juniperus sabina L.)
Pozostałe gatunki Juniperus × ambigens (Fassett) R.P.Adams Juniperus angosturana R.P.Adams Juniperus arizonica (R.P.Adams) R.P.Adams Juniperus ashei J.Buchholz Juniperus barbadensis L. Juniperus bermudiana L. – Juniperus blancoi Martínez Juniperus brevifolia (Seub.) Antoine Juniperus californica Carrière Juniperus cedrus Webb & Berthel. Juniperus chinensis L. – jałowiec chiński Juniperus coahuilensis (Martínez) Gaussen ex R.P.Adams Juniperus comitana Martínez Juniperus compacta (Martínez) R.P.Adams Juniperus convallium Rehder & E.H.Wilson Juniperus coxii A.B.Jacks. Juniperus deltoides R.P.Adams Juniperus deppeana Steud.