Pierwszym odłamem reformacji, jaki znalazł zwolenników w Bydgoszczy byli Bracia czescy. Później pewną popularność zdobył kalwinizmCentrum kalwinizmu na Kujawach był Radziejów – powstała tam szkoła, do której w latach 1560-1615 uczęszczała szlachta, Szkoci i Niemcy gdańscy. Natomiast luteranizm nie zdobył popularności w Bydgoszczy, ani na Kujawach ze względu na swoje niemieckie korzenie i popieranie władzy monarszej, co stało w niezgodzie z indywidualizmem szlachty.
Rozwój reformacji w Bydgoszczy nie trwał zbyt długo. Do 1575 r. powstały na przedmieściach dwa zbory: czesko-braterski w podmiejskim Miedzyniu Wielkim i kalwiński. W Bydgoszczy dość duże znaczenie posiadali przede wszystkim kalwini, rekrutujący się głównie wśród sfer wyższychurzędnicy, patrycjat, przedstawiciele rodów szlacheckich, Szkoci, Holendrzy. Sprzyjała temu neutralna postawa biskupów włocławskich, którzy widzieli potrzebę reformy kościoła i nie upierali się przy zbyt sztywnych ramach doktrynalnych.
Kontrreformacja na Kujawach zyskała znaczenie od ok. 1575 r. Jako że Bydgoszcz była miastem królewskim, nakazy „strzeżenia miasta przed heretykami” kierowali kolejni monarchowie – zwolennicy katolicyzmu: Stefan Batory, a po nim Zygmunt III Waza.