W czerwcu eskadrę zasilili trzej podchorążowie – absolwenci Szkoły Podchorążych Lotnictwa i trzej absolwenci Szkoły Podoficerów lotnictwa dla Małoletnich. Mobilizację ogłoszono w nocy z 23 na 24 sierpnia. 30 sierpnia eskadra przegrupowała się na lotnisko Markowo. W Toruniu pozostał 3-samolotowy klucz pod dowództwem ppor. Jana Czapiewskiego.
Walki eskadry w kampanii wrześniowej W kampanii wrześniowej 1939 walczyła w składzie lotnictwa Armii „Pomorze”, a następnie Brygady Pościgowej. Na uzbrojeniu znajdowało się dziesięć samolotów PZL P.11c.
1 września o 5.00 dowódca dywizjonu powiadomił personel o wybuchu wojny z Niemcami. Przed południem alarmowo wystartował klucz: ppor. Skalski, pchor. Pniak i kpr. Wieprzkowicz na przechwycenie Do-17. Akcja zakończyła się niepowodzeniem. Ten sam klucz wystartował po południu. Walkę opisał ppor. Skalski:
W tym samym dniu, w godzinach przedpołudniowych, lotnisko toruńskie było atakowane przez Luftwaffe. Było kilkunastu zabitych i rannych. Polacy startowali między godzinami 10.20 a 11.40, ścigając bezskutecznie rozpoznawczego Dorniera. Po południu klucz zasadzki dołączył do eskadry w Markowie.