Ćwiczenia letnie przeprowadzono na przełomie sierpnia i września w remach manewrów jednostek DOK nr I.
Działania 16 eskadry obserwacyjnej w 1939 Z nadejściem wiosny 1939 oba plutony eskadry uczestniczyły w ćwiczeniach w rejonie Czerwonego Boru, a w czerwcu odbyły szkołę ognia na poligonie Trauguttowo. Mobilizacja eskadry W dniach 24 i 25 sierpnia na macierzystym lotnisku Okęcie dokonano mobilizacji eskadry, a jednostka została przemianowana na 16 eskadrę obserwacyjną (łącznikową).
W nocy z 27 na 28 sierpnia 1939 rzut kołowy przemieścił się na lotnisko polowe Pęchery. 31 sierpnia na tym lotnisku wylądował rzut powietrzny: 7 samolotów obserwacyjnych Lublin R-XIIID i 2 samoloty łącznikowe RWD-8.
Działania eskadry w kampanii wrześniowej W kampanii wrześniowej eskadra była jednostką dyspozycyjną dowódcy Okręgu Korpusu Nr I, a następnie naczelnego dowódcy Lotnictwa.