+ Zwycięzcy I rundy grupa Zachód AFC Nowe Miasto nad Wagiem AS Trenczyn FK Rača Mesto Prievidza MFK Vrbové OTJ Moravany SFM Senec Spartak Myjava ŠKF Sereď FC ViOn Zlaté Moravce grupa Wschód 1. HFC Humenné Bodva Moldava nad Bodvou FK Czadca FK Nowa Wieś Spiska LAFC Łuczeniec MFK Bańska Bystrzyca MFK Snina MŠK Rymawska Sobota Tatran Liptowski Mikułasz ŽP Šport PodbrezováŽP Šport Podbrezová, rywal MŠK Žilina w II rundzie, wycofał się z rozgrywek I ligi, wobec czego został wykluczony z turnieju o Puchar Słowacji ()
+ Drużyny Extraligi grupa Zachód DAC Dunajská Streda FC Nitra FK Senica MFK Petržalka Slovan Bratysława Spartak Trnawa grupa Wschód Dukla Bańska Bystrzyca MFK Dubnica MFK Koszyce MFK Ružomberok MŠK Žilina Tatran Preszów
Grupa Zachód
Grupa Wschód
III runda Do startu w tej części rozgrywek uprawnionych było 16 zwycięzców meczów II rundy.
Mecze rozegrano 20 i 21 października 2009.
Ćwierćfinały Runda została przeprowadzona w dwumeczach. Pierwsze spotkania rozegrano 3 i 4 listopada, rewanże – 24 i 25 listopada 2009.
Pierwsze mecze
Rewanże