Konsekwencją rozwoju wspólnot na terenie miasta i archidiecezji było powstanie kaplicy, którą wystawiło w Roku Jubileuszowym 2000 Stowarzyszenie Budowy i Utrzymania Sanktuarium Matki Bożej Trzykroć Przedziwnej oraz Diecezjalnego Centrum Szensztackiego w Bydgoszczy. Budowa odbyła się przy poparciu arcybiskupa Henryka Muszyńskiego, który 27 czerwca 2000 r. poświęcił kamień węgielny, a gotową świątynię rok później - 16 czerwca 2001 r.
W dalszej perspektywie przewidziana jest budowa ośrodka formacyjnego dla dzieci, młodzieży, matek i rodzin.
Każde z sanktuariów szensztackich posiada swoje przesłanie. Bydgoskie nosi nazwę Sanktuarium Zawierzenia, w odróżnieniu od istniejących już wcześniej sanktuariów: Wierności w Otwocku (1981 r.), Syjonu w Józefowie k. Warszawy (1988 r.), Wieczernika w Winowie k. Opola (1988 r.), Przymierza na Górze Chełmskiej w Koszalinie (1991 r.), Jedności w Zabrzu-Rokitnicy (2000 r.).
Patronka sanktuarium Matka Boża przedstawiana na obrazie w sanktuarium szensztackim czczona jest pod tytułem: Matka Boża Trzykroć Przedziwna (łac. Mater Ter Admirabilis) jako Matka i Wychowawczyni nowego człowieka i nowej wspólnoty według nauki Ewangelii.