Post-boost vehicle tego wariantu nękany był jednak licznymi problemami technicznymi, toteż wszystkie pociski tego typu do roku 1984 zostały zastąpione przez pociski Mod 4.
Mod 3 Ten wariant był w rzeczywistości ulepszoną wersją pocisku wariantu drugiego, ze zmodernizowanym czepcem balistycznym. Wprawdzie istnienie tego wariantu zostało potwierdzone przez źródła rosyjskie, brak jest jednak informacji o nim w odtajnionych źródłach zachodnich.
R-36MUTTH Zarządzenie autoryzujące program rozwoju następcy systemu R-36M – o Ulepszeniu Charakterystyk Sprawności Pocisków R-36M (15A14) i MR UR-100 (15A15) – wydane zostało 16 sierpnia 1976 roku, zaledwie kilka miesięcy po przyjęciu pocisków R-36M do służby. Opracowanie wstępnego projektu nowego systemu z ulepszoną sprawnością taktyczną, oznaczonego R-36MUTTH i numerem kodowym 15A18 (NATO: Mod 4), ukończono w Biurze Konstrukcyjnym Jużnoje w grudniu 1976 roku. Nowy pocisk dysponować miał lepszą celnością, co pozwoliło na zmniejszenie mocy ładunków jądrowych głowic. Osiągnięto to bez zmniejszenia efektywności pocisku, co oznaczało także zwiększenie liczby głowic z ośmiu do dziesięciu oraz zwiększenie zasięgu wersji z pojedynczą głowicą do 16 000 km.