W listopadzie 1941 roku (w czasie II wojny światowej) wstąpił do Królewskich Kanadyjskich Sił Lotniczych (RCAF). Szkolenie na strzelca bombowca odbył w Calgary, Edmonton (Alberta), a także w McDonald (Manitoba). W grudniu 1942 roku został wysłany do Europy. Służbę rozpoczął w Anglii, gdzie w październiku 1943 roku został przydzielony do 9 Dywizjonu RCAF. W marcu 1944 roku otrzymał przydział do 419 Dywizjonu RCAF, w którym objął stanowisko górnego strzelca bombowca Lancaster. Dzień przed inwazją w Normandii, 5 czerwca 1944 roku, załoga Mynarskiego otrzymała nowy, wyprodukowany w Kanadzie, bombowiec Lancaster Mk-X z numerem bocznym KB-726 VR-A. 11 czerwca 1944 Mynarski awansował otrzymując stopień Pilot Officer.
Podczas realizacji zadania, którego celem było zbombardowanie terenów kolejowych w Cambrai we Francji, w nocy z 12 na 13 czerwca 1944 roku, bombowiec został zestrzelony przez niemiecki myśliwiec Ju-88. Andrew Mynarski zmarł 13 czerwca w wyniku poparzeń po próbie uratowania z płonącego samolotu, kolegi z załogi: strzelca ogonowego, Pata Brophy’ego. Na wniosek dowódcy bombowca, Arta de Breyne, Dowództwo Kanadyjskich (RCAF) i Brytyjskich Sił Powietrznych (RAF) zdecydowało o przyznaniu Andrew Mynarskiemu Krzyża Victorii (11 października 1946).