W październiku 2006 Paweł Piskorski przeszedł w Europarlamencie z EPP-ED do Porozumienia Liberałów i Demokratów na rzecz Europy. W styczniu 2009 wstąpił do Stronnictwa Demokratycznego, deklarując zamiar ubiegania się o stanowisko przewodniczącego SD. Stanowisko to uzyskał na kongresie nadzwyczajnym partii z 21 lutego tego samego roku. Nie ubiegał się o reelekcję w wyborach do PE w 2009. W listopadzie tegoż roku został zawieszony w obowiązkach przewodniczącego partii przez Naczelny Sąd Partyjny SD, który sam wcześniej miał ulec zawieszeniu. Kilka dni później członkowie rady naczelnej SD, w tym zawieszeni przez popierające Pawła Piskorskiego władze, uchwalili jego odwołanie ze stanowiska przewodniczącego, powierzając funkcję tymczasowego przewodniczącego partii Krzysztofowi Góralczykowi.
W styczniu 2010 prokurator przedstawił mu zarzut posłużenia się podrobionym dokumentem (umową z antykwariuszem) w postępowaniu podatkowym. Paweł Piskorski nie przyznał się do popełnienia tego czynu. W 2015 został w tej sprawie uniewinniony.