W porze suchej stłoczone w wysychających zbiornikach stada piranii zaciekle atakują swoje ofiary. Zwiększoną agresję wykazują również w okresie rozrodu.
Jest to gatunek jajorodny. Ikrę składa w dołku wykopanym w podłożu, a po zapłodnieniu przytwierdza do przydennej roślinności. Jako nieliczne wśród kąsaczokształtnych, piranie chronią swoją ikrę.
Znaczenie w ekosystemie Piranie Natterera spełniają w zajmowanych biocenozach funkcje sanitarne – zjadają ryby zdradzające objawy osłabienia. Pomiędzy piranią Natterera a Serrasalmus marginatus zaobserwowano relacje mutualistyczne polegające na pobieraniu przez S. marginatus pasożytów z ciała piranii Natterera.
Przypisywana tym rybom krwiożerczość, zwłaszcza w odniesieniu do ludzi i dużych ssaków, nie została potwierdzona. Uważa się, że stanowią potencjalne zagrożenie, szczególnie w regionach gęsto zaludnionych i w wodach zanieczyszczonych odpadami mięsnymi (np. okolice rzeźni). Zapach krwi może je sprowokować do zaatakowania rannego zwierzęcia lub człowieka. Wprawdzie odnotowano przypadki grupowego ataku piranii na duże ssaki i ludzi, jednak nie potwierdzono żadnego przypadku ze skutkiem śmiertelnym. Większość relacji o tych atakach uznawana jest za mocno przesadzone.