Została też przeszklona górna kondygnacja.
Ostatni remont odbył się w latach 1999–2003. Został przeprowadzony na wniosek Wydziału Ochrony Środowiska, łódzkich przyrodników i dyrekcji Łódzkiego Ogrodu Botanicznego (który wraz z palmiarnią tworzy odrębną jednostkę), ze względu na katastrofalny stan budynku. Starą budowlę obudowano przeszkloną konstrukcją stalową, do której zamontowano po raz pierwszy w Polsce zewnętrzną, tzw. zintegrowaną ścianę grzewczą (połączenie ściany osłonowej z systemem grzewczym, gdzie w ramach okiennych płynie glikol). Autorami projektu byli Przemysław Cymerman i Jacek Dynarek z zespołem Galbeksu, a kurtynę dostarczyła niemiecka firma Gartner. Dopiero po wykonaniu tych prac rozebrano stare mury, ze względu na konieczność pozostawienia w modernizowanym obiekcie najstarszych roślin, zakorzenionych w podłożu. Całkowity koszt budowy wyniósł 31,6 mln zł.