W 1579 roku władca wydał zgodę na utworzenie przez jezuitów Akademii Wileńskiej. W 1582 roku Rzeczpospolita przyjęła zreformowany kalendarz gregoriański.
W polityce wewnętrznej król oparł się na kanclerzu i hetmanie wielkim koronnym Janie Zamoyskim. Złamał prohabsburską opozycję, m.in. doprowadzając do skazania i ścięcia Samuela Zborowskiego w 1584 roku.
Elekcja w 1587
W czasie elekcji 1587 roku stronnicy Jana Zamoyskiego (koło czarneNazwa pochodzi od żałoby po Stefanie Batorym.) wybrali na króla Zygmunta Wazę, siostrzeńca królowej Anny Jagiellonki. Zwolennicy Zborowskich dokonali obioru arcyksięcia Maksymiliana III Habsburga, brata cesarza Rudolfa II Habsburga.
Panowanie Zygmunta III Wazy
Wojna domowa w Rzeczypospolitej 1587-1588