Mikołaja postanowili przenieść ją poza centrum, do dzielnicy Harvestehude, która uniknęła większych zniszczeń i tam od nowa zorganizować parafię z budową nowej świątyni włącznie. W 1951 wyburzono ostatecznie nawę a pozyskanym w ten sposób gruzem umocniono nadbrzeża Łaby.
Jako argument przeciw rekonstrukcji podawano wówczas, iż miasto miało ważniejsze priorytety w zakresie odbudowy niż rekonstrukcja kościoła św. Mikołaja, który pozostał jedynym nie odbudowanym spośród pięciu głównych kościołów Hamburga.
Tak więc obecny stan kościoła św. Mikołaja (wieża i resztki prezbiterium) jest nie tylko rezultatem bombardowań miasta w czasie wojny, ale też dokonanych wyburzeń. Z czasem ruinom kościoła nadano status pomnika ofiar wojny, ale brakowało całościowej opieki nad tym zabytkiem, który powoli ulegał dalszej degradacji. Wywołało to uzasadnione zaniepokojenie co do dalszych jego losów.
W 1987 powołano do życia stowarzyszenie Rettet die Nikolaikirche e.V. (Ratujcie kościół św. Mikołaja), które wzięło na siebie odpowiedzialność za dalszy los ruin kościoła;