Po wycofaniu wojsk radzieckich Stany Zjednoczone zmieniły swoją politykę zagraniczną wobec Afganistanu. Finansowanie lidera afgańskiego ruchu oporu Gulbuddina Hekmatjara oraz jego organizacji Hezbi Islami zakończyło się od razu po wycofaniu się wojsk. USA również zmniejszyło pomoc dla afgańskich uchodźców w Pakistanie.
W październiku 1990 roku prezydent USA George H.W. Bush odmówił poświadczenia, że Pakistan nie posiada urządzeń zdolnych do zainicjowania wybuchu jądrowego; spowodowało to nałożenie sankcji wobec Pakistanu pod naciskami senatora Larry’ego Lee Presslera. Sankcje zakłóciły finansowanie drugiego pakietu pomocy, rozpoczętego w 1987 roku; przerwana została pomoc gospodarcza i wojskowa dla Pakistanu. Zakup uzbrojenia oraz program szkoleń został zamrożony, jak i również niektóre programy szkoleniowe dla pakistańskich oficerów wojskowych przebywających w Stanach Zjednoczonych; oficerowie ci zostali zmuszeni do powrotu do domu.