Ze względu na niekompletność materiału kopalnego Phyllodon jest często uznawany wątpliwy rodzaj bazalnego ornitopoda o bliżej nieustalonym pokrewieństwie. W 2001 roku Oliver Rauhut opisał nieznane dotąd skamieniałości mogące należeć do przedstawicieli tego rodzaju. Pochodzą one z miejsca, w którym odkryto także holotyp, i obejmują fragment żuchwy oraz ponad 120 zębów. Ze względu na nieobecność w tej lokalizacji dinozaurów podobnych do filodona Rauhut wstępnie uznał je za reprezentujące rodzaj Phyllodon. Zęby były mierzyły nie więcej niż 3 mm długości i prawdopodobnie należały do osobnika juwenilnego. W opisanym materiale Rauhut odnalazł dodatkowe cechy diagnostyczne Phyllodon, w tym bardzo wysokie zęby szczęki, wskazujące, że rodzaj ostatecznie może być ważny. Dzięki porównaniu z innymi hipsylofodontami, Rauhut doszedł do wniosku, że filodon wykazuje największe podobieństwa do drinkera, występującego w późnej jurze na terenie północnoamerykańskiej formacji Morrison. Również Galton w 2007 spostrzegł podobieństwa zębów filodona oraz drinkera i nanozaura.