Jego absencja od pierwszoligowej piłki trwała 6 miesięcy, kiedy Hannover 96 zwolnił Ralfa Rangnicka w marcu 2004 roku. Klub walczył o utrzymanie się w 1. Bundeslidze, a to wyzwanie znów przypadło do gustu Lienenowi, który ukończył sezon wraz ze swoimi zawodnikami na cennej 14 pozycji. Sezon 2004–2005 był z kolei wielkim sukcesem, gdyż klub zajął najwyższej w swej historii dziesiąte miejsce. Już po rundzie jesiennej rozgrywek obie strony zasiadły do rozmów w sprawie przedłużenia kontraktu szkoleniowca do 2007 roku, bowiem Hannover zdobył 28 punktów, co dawało siódmą lokatę. Po słabym początku kolejnych rozgrywek i nadziejach na odbudowanie siły zespołu z poprzedniego sezonu, władze klubu nie podzielały optymizmu Lienena i zwolniły po dwunastu spotkaniach w listopadzie 2005 roku.