zatokę badał z polecenia ówczesnego gubernatora Nowej Południowej Walii, sir Thomasa Brisbane’a, angielski żeglarz i podróżnik John Oxley, który rok później wrócił tu, by spenetrować ujście rzeki Brisbane.

Geografia thumb|250px|Wyspy położone na południu zatoki () Zatoka Moreton powstała około 6000 lat temu w wyniku podnoszenia się poziomu morza. Zatoka rozciąga się na długości około 160 km od Caloundra na północy do Surfers Paradise na południu. W sumie na obszarze zatoki znajduje się 360 wysp. Najwięcej osób mieszka na wyspach w południowym regionie zatoki, m.in. na wyspach: Russell, Macleay, Lamb i Karragarra. W przeszłość wyspa Peel była wykorzystywana jako miejsce kwarantanny. Zatoka jest płytka i piaszczysta. Kanał żeglugowy, który przebiega przez północną część zatoki, zapewnia łączność z portem w Brisbane.

Od Pacyfiku oddzielona jest łańcuchem większych wysp: Moreton (na północy), Bribie, North Stradbroke oraz South Stradbroke (na południu).

Obszary chronione thumb|250px|Manly w czasie odpływu Moreton Island National Park St Helena Island National Park Moreton Bay Marine Park – założony w 1993, obszar: 3400 km². Southern Moreton Bay Islands National Park

Zgodnie z konwencją ramsarską cześć Zatoki Moreton znajduje się na liście mokradeł o znaczeniu międzynarodowym.