Habilitowała się 22 lipca 1938 (praca: O hyperynie glikozydzie dziurawca) zostając docentem chemii organicznej na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach. Później kontynuowała pracę w Politechnice Warszawskiej. Podczas II wojny światowej brała udział w tajnym nauczaniu ucząc chemii organicznej. W trakcie powstania warszawskiego trafiła do obozu Dulag 121 Pruszków, a stamtąd do obozu pracy w Neckartenzlingen. Od 1945 zamieszkała w Łodzi, gdzie 1 grudnia 1945 została najpierw profesorem kontraktowym, a wkrótce potem profesorem nadzwyczajnym chemii organicznej w Katedrze Chemii Organicznej Wydziału Farmacji Uniwersytetu Łódzkiego. W Akademii Medycznej w Łodzi pełniła funkcje prodziekana i prorektora (1962–1969).
Praca naukowa Głównymi polami badawczymi Zofii Jerzmanowskiej była chemia organiczna i fitochemia. Prowadziła badania fitochemiczne poświęcone m.in. strukturze flawonów (żółtych barwników) wyodrębnionych z roślin krajowych oraz nowym przemianom chemicznym w układzie chromonu (barwnika czerwonego lub pomarańczowego).