Wybory do Parlamentu Europejskiego odbyły się w Hiszpanii 13 czerwca 1999 wraz z wyborami lokalnymi i regionalnymi. Hiszpanie wybierali 64 przedstawicieli do Parlamentu w Strasburgu w jednym okręgu wyborczym.
Wyniki Frekwencja wyniosła 63,05% – o 4% więcej niż przed 5 laty. Spośród 36 zgłoszonych list osiem otrzymało mandaty w PE. Najwięcej wyborców oddało jak poprzednio głos na Partię Ludową. Będąca w koalicji z Partią Demokratyczną Nowej Lewicy (Partido Democrático de la Nueva Izquierda) PSOE przybrała nazwę PSOE–Progresiści i znalazła się na drugim miejscu. Partia Ludowa wygrała we wszystkich Wspólnotach poza Andaluzją, Asturią, Wyspami Kanaryjskimi, Katalonią, Estremadurą i Krajem Basków. Trzecie miejsce uzyskała Zjednoczona Lewica zblokowana z Inicjatywą na rzecz Katalonii tracąc jednak połowę głosów. Mandaty uzyskały Konwergencja i Jedność, Koalicja Europejska (wygrała na Wyspach Kanaryjskich), Koalicja Nacjonalistyczna - Europa Narodów, Galicyjski Blok Nacjonalistyczny oraz Euskal Herritarrok.