W 1966 został kapelanem i sekretarzem arcybiskupa metropolity krakowskiego Karola Wojtyły. Jednocześnie był wykładowcą liturgiki w Wyższym Instytucie Katechetycznym w Krakowie oraz redaktorem „Notificationes a Curia Metropolitana Cracoviensi”, urzędowego pisma kurii krakowskiej. W strukturach archidiecezjalnych pełnił funkcje członka: Komisji Liturgicznej (której był sekretarzem), Komitetu Roku Świętego 1974–1975 oraz rady kapłańskiej. Uczestniczył w odbywającym się w latach 1972–1979 Duszpasterskim Synodzie Archidiecezji Krakowskiej, pracując w Komisji Głównej, Komisji ds. Kultu Bożego i Komisji Uświęcania Czasu, a także zespole redakcyjnym Ceremoniału diecezjalnego i Podręcznika parafialnego.

Pozostał sekretarzem Karola Wojtyły, gdy ten 16 października 1978 został wybrany na papieża i przyjął imiona Jan Paweł II. Był przy Janie Pawle II 13 maja 1981 w czasie zamachu na placu św. Piotra dokonanego przez Mehmeta Alego Ağcę, a podejmowane przez niego szybkie decyzje przyczyniły się do uratowania życia papieża. W 1987 został wiceprzewodniczącym Rady Administracyjnej Fundacji Jana Pawła II.