W lutym 1743 r. wrócił do Petersburga, gdzie został zatrudniony w ogrodzie botanicznym tamtejszej Akademii Nauk. Został adiunktem historii naturalnej i botaniki Petersburskiej Akademii Nauk (1745 r.), a od 1747 r. faktycznie kierował ogrodem. 11 kwietnia 1750 r. został wybrany profesorem katedry historii naturalnej i botaniki, będąc pierwszym rosyjskim akademikiem w tej dziedzinie nauk. W następnych latach opracowywał swoje materiały z Syberii i Kamczatki. Jednocześnie w latach 1749–1752 badał florę guberni petersburskiej. W 1752 r. odbył swoją ostatnią podróż w rejon jeziora Ładoga i Nowogrodu z zamiarem opracowania flory Ingrii.
Zmarł młodo, nie doczekawszy się druku dzieła swego życia. Opisanije ziemli Kamczatki (1755), tłumaczone następnie i wielokrotnie wydawane w całej Europie, stanowiło przez długi okres jedyne źródło wiedzy o tym półwyspie. S. Berg w historii rosyjskich odkryć geograficznych napisał o Kraszeninnikowie, że „Wraz z Łomonosowem był ozdobą Akademii”Pm: Badacz Kamczatki, w: „Poznaj świat” R. XII, nr 3 (136), marzec 1964..