Za udział i związek franciszkanów w powstaniu styczniowym car wydał dekret usuwających franciszkanów z kościoła oraz kasatę klasztoru i kościoła. Ludność Warki na znak żałoby w Warce i w całej Polsce pomalowała ołtarze świątyni na kolor czarny. Okres po powstaniu styczniowym przyniósł ogromne straty w substancji zabytkowej. W latach 1870 zamarło wszelkie życie liturgiczne, duszpasterskie i społeczne przy klasztorze.
Kościół parafialny Kościół Matki Bożej Szkaplerznej w Warce
Arcybiskup Warszawy wraz z diecezjalnymi księżmi podjął próbę ratowania kościoła i klasztoru poprzez organizację przy nim duszpasterstwa. Kościół pofranciszkański na przeszło sto lat stał się jedynym ośrodkiem życia religijnego i społecznego w Warce.
Kościół był niszczony zarówno w pierwszej, jak i w drugiej wojnie światowej.
W kościele jest przechowywany bardzo stary, z wieku XV–XVI obraz Matki Bożej Wareckiej, który jest najstarszym i najcenniejszym zabytkiem Warki. Przyciąga warecczan i mieszkańców okolicy, stając się centrum kultu na ziemi wareckiej.
Spoczywają w nim szczątki książąt mazowieckich, przeniesione w 1859 ze zniszczonej świątyni Dominikanów.