Śmierć 18 grudnia 1941, razem z innymi działaczami Narodowej Organizacji Bojowej, został skazany przez niemiecki Trybunał Ludowy na karę śmierci. Wyrok wykonano poprzez zgilotynowanie w więzieniu Plötzensee 20 marca 1942. Zwłoki Mścisława Frankowskiego oraz innych skazanych przekazano dla badań naukowych do Instytutu Anatomiczno-Biologicznego Uniwersytetu Humboldtów w Berlinie.
Odznaczenia Medal Niepodległości Krzyż Niepodległości z Mieczami
Życie prywatne W 1937 ożenił się z Felicją Smolibowską, z którą miał córkę Barbarę (ur. 1938).
Śledztwo IPN i upamiętnienie W październiku 2003 poznański oddział Instytutu Pamięci Narodowej wszczął śledztwo mające na celu ustalenie tożsamości i ukaranie sędziów, którzy wydali na Mścisława Frankowskiego oraz jego kolegów wyrok śmierci. Śledczym udało się dotrzeć do dokumentów Trybunału Ludowego i odtworzyć skład sędziowski oraz nazwisko kata, jednak w czerwcu 2009 śledztwo umorzono z powodu śmierci podejrzanych.