W 1565 joannici obronili wyspę przed atakiem Turków (Wielkie Oblężenie Malty). W 1566 wielki mistrz zakonu Jean de la Valette założył nową stolicę, nazwaną później Valletta, do której w 1571 została przeniesiona siedziba zakonu. Joannici wznieśli wiele fortyfikacji i spowodowali, że Malta zaczęła odgrywać ważną rolę na scenie europejskiej.
Rządy Francuzów (1798–1800)
W 1798 wielki mistrz Ferdynand von Hompesch poddał wyspę Napoleonowi Bonapartemu. Obecność Francuzów wywołała powstanie miejscowej ludności.
Rządy brytyjskie (1800–1964)
W 1800 roku Wielka Brytania objęła Maltę opieką w imieniu Królestwa Obojga Sycylii, a we wrześniu 1800 wyspa została włączona do Korony brytyjskiej. W 1802 układ, zwany pokojem w Amiens, zwrócił wyspę joannitom, ale na skutek oporu miejscowej ludności pozostała ona w rękach Brytyjczyków, a 1814 w wyniku traktatu paryskiego stała się kolonią Wielkiej Brytanii i ważnym punktem strategicznym na Morzu Śródziemnym jako kolejny etap brytyjskiego podboju Wschodu. W 1843 została ustalona pisownia języka maltańskiego, który stał się językiem literackim, w 1882 został on wprowadzony do szkół, obok włoskiego, w 1934 język maltański został uznany za oficjalny. W 1887 ogłoszono pierwszą konstytucję kolonii, zawieszoną w 1903.