W latach 20. i 30. XX wieku zdecydowana większość parafii na terenie Niemiec zdecydowała się – w proteście przeciw relacjom między państwem a Cerkwią prawosławną w ZSRR – opuścić jurysdykcję patriarchatu moskiewskiego i przejść do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rosji. Ponadto w 1938 rząd nazistowski odebrał eparchii cały majątek, przekazując go Kościołowi Zagranicznemu jako instytucji całkowicie lojalnej wobec siebieD. Pospielovsky, The Russian Church under the Soviet Regime 1917–1982, St. Vladimir's Seminary Press, New York 1984, t.II, s.262.
Po II wojnie światowej eparchii podporządkowane zostały wszystkie rosyjskie parafie prawosławne w Niemczech Wschodnich, zaś od lat 60. XX wieku podjęła ona działalność również w RFN, tworząc parafie niemieckojęzyczneM. Bołtryk, Od książąt do ruskich Niemców, „Prawosławie w Europie”, dodatek do Przeglądu Prawosławnego na luty 2003, , s.19.