3 czerwca 2016 został trenerem Legii Warszawa, z którym 23 sierpnia 2016 po wygranym dwumeczu 3:1 z irlandzkim Dundalk F.C. w IV rundzie kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów 2016/2017, awansował do fazy grupowej tych rozgrywek, tym samym wprowadzając po 20 latach do tej fazy rozgrywek polski klub. Zwolniony z funkcji trenera 20 września 2016 z powodu słabych wyników. Drużyna prowadzona przez Albańczyka odpadła już w pierwszej rundzie Pucharu Polski oraz zajmowała czternaste miejsce w tabeli ligowej.
8 czerwca 2017 podpisał dwuletni kontrakt z greckim klubem Olympiakos SFP. Został zwolniony z funkcji 25 września 2017 po porażce w meczu derbowym.
20 marca 2025 roku ponownie został pierwszym trenerem RSC Anderlecht, gdzie pracował do 2 lutego 2026.
10 czerwca 2026 został trenerem beniaminka tureckiej Super Lig, Amedspor, podpisując kontrakt do końca sezonu 2027/28.