Od 1984 do 1990 i ponownie w latach 1999–2000 sprawowała mandat posłanki do Parlamentu Europejskiego. W okresie 1990–1991 zajmowała stanowisko ministra zdrowia i ochrony socjalnej. W latach 1990–1999 i 2000–2007 była deputowaną do Parlamentu Hellenów, reprezentowała go w Konwencie Unii Europejskiej. Od 2004 do 2007 ponownie wchodziła w skład greckiego gabinetu jako minister edukacji narodowej i spraw religijnych w rządzie Kostasa Karamanlisa. Podjęte przez nią reformy w celu modernizacji systemu kształcenia uniwersyteckiego doprowadziły w 2006 do masowych demonstracji studenckich, a później także zamieszek w trakcie manifestacji organizowanych m.in. przez komunistów. W 2007 Marieta Janaku nie uzyskała reelekcji w wyborach krajowych, odeszła także z administracji rządowej.