Kierunki badań naukowych Po obronie pracy doktorskiej Jan Czermiński zaczął się zajmować genezą złóż siarki w Polsce. Między innymi zwrócił uwagę na udział mikroorganizmów w procesie powstawania złóż siarki w zapadlisku przedkarpackim, wskazując na struktury rudy siarkowej świadczące o wytrącaniu się siarki rodzimej w wyniku działalności bakterii.
Pod koniec lat 1950. prowadził szczegółowe badania zjawisk krasowych w dewońskich skałach węglanowych i ich związku z tektoniką w Górach Świętokrzyskich. Badał też procesy sylifikacji wapieni w strefie wietrzenia i występowanie bentonitów w dolomitach eiflu.
Zajmował się następnie ilościowym ujęciem występowania skał osadowych w Polsce, wskazując na cykliczność sedymentacji w zależności od rozwoju tektonicznego obszaru, a także ewolucją chemizmu skał osadowych w Polsce w oparciu o wyliczenia częstości występowania poszczególnych pierwiastków głównych w tych skałach.
Jego dorobek naukowy obejmuje 54 publikacje oraz około 40 projektów badań, sprawozdań i archiwalnych opracowań dokumentacyjnych. Pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera 39A-3-6)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze.