W obrazie klinicznym CAPS dominuje mikroangiopatia zakrzepowa, prowadząca do niewydolności wielonarządowej, najczęściej nerek, płuc, mózgu i sercaMerrill JT, Asherson RA. Catastrophic antiphospholipid syndrome. Nat Clin Pract Rheumatol 2006; 2: 81-9.. Obserwuje się także SIRS (ang. systemic inflammatory response syndrome), DIC (ang. disseminated intravascular coagulopathy), ciężką małopłytkowość i anemię hemolitycznąVora SK, Asherson RA, Erkan D. Catastrophic antiphospholipid syndrome. J Intensive Care Med 2006; 21: 144-59.Asherson RA, Espinosa G, Cervera R, et al. Disseminated intravascular coagulation in catastrophic antiphospholipid syndrome: clinical and haematological characteristics of 23 patients. Ann Rheum Dis 2005; 64: 943-6..
Zespół antyfosfolipidowy może być przyczyną powikłań zatorowo-zakrzepowychGoodnight SH. Antiphospholipid antibodies and thrombosis. Curr Opin Hematol 1994; 1: 354., w tym ostrego zawału sercaProkop J, Witkowski M, Musiał W, et al. Zawał serca u 24-letniej chorej z wtórnym zespołem antyfosfolipidowym. Kardiol Pol 2004;