Historia Pierwsze wzmianki o jaskini pochodzą z 1853 roku. W II połowie XIX wieku obszar badany był przez Jana Zawiszę w latach 1871–1873 i Gotfryda Ossowskiego w latach 1884–1886. Badania potwierdziły istnienie intensywnego osadnictwa w tym regionie już w epoce neolitu (ok. 7 tys. lat). Archeolodzy znaleźli fragmenty naczyń i narzędzi oraz ślady po ogniskach. Ciekawie prezentują się osady jaskiniowe z punktu widzenia paleontologii. W namulisku natrafiono m.in. na kości niedźwiedzi jaskiniowych, hien oraz innych zwierząt występujących na tym obszarze w epoce lodowcowej.
W XIX wieku intensywnie rozwijał się ruch turystyczny. Do Ojcowa zjeżdżali kuracjusze, a część z nich chętnie odwiedzała znaną już wówczas Grotę Wierzchowską, która jako jedna z pierwszych jaskiń w Europie została przystosowana do obsługi ruchu turystycznego. Otwory zabezpieczono drewnianą palisadą, wewnątrz zainstalowano oświetlenie z chińskich lampionów oraz przygotowano przewodników.