Pierwszy pożar 1723 1 maja 1723 kościół spłonął wraz z dużą częścią otaczających go budowli. Zadania odbudowy zniszczonego kościoła podjął się architekt Göran Josuæ Adelcrantz. Odbudowany kościół był budowlą na planie krzyża greckiego. Na przecięciu naw otrzymał wieżę-kopułę opartą na ośmiobocznym bębnie i zakończoną smukłą latarnią z krzyżem. Takie same latarnie, choć nieco mniejsze, stanęły w narożach świątyni wokół bębna. Całkowita wysokość kościoła wyniosła 76 mOpis kościoła na Emporis. Konsekracja świątyni miała miejsce 18 października 1724 roku.
Drugi pożar 1990 thumb|242px|Wypalone mury świątyni W nocy 17 maja 1990 Kościół Katarzyny spłonął po raz drugi. Kopuła zapadła się do wnętrza budowli, ostały się tylko zewnętrzne mury. Udało się jednak uratować drogocenne szaty i srebra. Pomimo wnikliwego dochodzenia nigdy nie udało się ustalić przyczyny pożaru. Pomimo iż budynek świątyni był ubezpieczony na znaczna sumę, niezbędne okazały się dodatkowe zbiórki funduszy na jej odbudowę. Powołano w tym celu fundację Ratujcie Katarzynę (szw. Stiftelsen Rädda Katarina).