W tym dniu następuje natarcie niemieckie w sile 60 ludzi na barykadę, w trakcie odparcia natarcia otrzymuje ciężką (rana postrzałowa kulą dum-dum, wyrwana część prawej łopatki), w szpitalu powstańczym na ul. Bartosiewicza przechodzi operację. Po operacji w nocy z 3 na 4 września, z powodu zagrożenia przez oddziały niemieckie, wyniesiony ze szpitala i przetransportowany – przez lżej rannego kolegę ze swojego plutonu – Zygmunta Kryńskiego – do szpitala na ul. Foksal, natomiast w następnych dniach ewakuowany najpierw na ul. Śniadeckich nr 17 za Aleje Jerozolimskie, a po kilkunastu dniach na ul. Piękną. 13 października 1944 roku razem z resztą rannych przebywających w szpitalach powstańczych deportowany do obozu w Zeithein w Saksonii (n. Elbą). Do Warszawy powrócił w maju 1945 roku. Nr legitymacji AK 020635. Nie ujawnił działalności w AK przed komisją likwidacyjną i władzami PRL.
Wspomnienia Kpt. Marian Malinowski „Pobóg” – dowódca 4 kompanii VIII Zgrupowania AK „Krybar” – wprowadzając „Janosika” w szeregi kombatanckie ZBoWiD napisał: „Jan Kosek przez cały okres swej służby konspiracyjnej oddany był całkowicie sprawie. Karny, ściśle wykonywał polecenia przełożonych.